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絕緣子的作用是有方向性的，這是在果蠅實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)的。果蠅（D.melanogaster）的黃色基因座y上插入轉(zhuǎn)座子gypsy后，會(huì)造成有些組織中的y基因失活，但有些組織中y基因仍然有活性，其原因在于轉(zhuǎn)座子gypsy的一端有一個(gè)絕緣子序列。
當(dāng)gypsy在y基因座的不同位置上插入時(shí)，對基因的活性有不同的效應(yīng)。這是因?yàn)閥基因的活性受4個(gè)增強(qiáng)子調(diào)控，當(dāng)絕緣子正好插在啟動(dòng)子的上游時(shí)，就在翅肩（wing blade）和軀體上皮（body cuticle）組織中阻斷基因的活化（來自上游的增強(qiáng)子），但不阻斷在剛毛（bristles）和跗足（farsal claws）組織中y基因的表達(dá)（來自下游的增強(qiáng)子）。
由于有些增強(qiáng)子位于啟動(dòng)子上游，有些位于下游，所以絕緣子的效應(yīng)并不取決于絕緣子同啟動(dòng)子的相對位置。因此，對絕緣子效應(yīng)的方向性的原因還沒有真正弄清楚。
目前已發(fā)現(xiàn)有兩個(gè)基因座以反式活化方式影響絕緣子的功能。基因S2J(Hw)編碼的核蛋白識別絕緣子，絕緣子同其結(jié)合后才有絕緣作用。當(dāng)該基因突變后，盡管y基因座中插入了絕緣子，但失去了絕緣作用，y在所有組織中都表達(dá)。